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양도소득세 장기보유특별공제의 개념, 공제율 및 적용사례

노루타 2023. 12. 8. 12:41

양도소득세 계산 시 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 공제한 후에 양도차익을 구한다. 다시 양도차익에서 장기보유특별공제를 감하면 양도소득금액이 나오게 된다. 따라서 장기공제특별공제에 대해 잘 숙지하는 것이 절세의 한 방법인 것이다.

1. 장기보유특별공제란?

보유기간이 3년 이상인 토지, 건물, 조합원입주권(조합원에 한하여 적용)에 대하여 일정금액(보유연수 × 장기보유특별공제율)을 양도차익에서 공제해 주는 제도이다. 보유연수가 길면 길수록 공제금액이 커지기 때문에 양도소득세가 줄어든다. 장기보유특별공제를 적용할 때 보유기간 계산은 취득일부터 양도일까지 계산하면 된다. 따라서, 매매로 취득한 경우에는 취득일, 상속으로 취득한 경우에는 상속개시일, 증여로 취득한 경우에는 증여등기접수일부터 기산하면 된다. 다만, 모든 부동산에 대해 3년 이상 보유하였다고 해서 모두 장기보유특별공제가 적용되는 것은 아니다. 장기보유특별공제 적용이 가능 대상으로는 토지(비사업용 토지 포함), 상가 및 아파트형 공장, 비조정대상지역에 소재한 주택, 원조합원의 조합원입주권이 있다. 하지만 장기보유특별공제가 적용되지 않는 대상은 미등기 자산, 조정대상지역에 소재한 중과대상 주택, 승계조합원의 조합원 입주권 등이 있다.

2. 장기보유특별공제율

장기보유특별공제는 보유기간과 장기보유특별공제율에 따라 공제금액이 달라진다. 일반적인 경우에 장기보유특별공제율은 2%이고 공제한도는 15%(보유기간 15년)이다. 15년 이상을 보유한다 할지라도 더 이상 공제금액이 늘어나지는 않는다. 다만, 1세대 1주택인 경우에는 3년 이상 보유기간 중 2년 이상 거주하면 장기보유특별공제율은 4%를 보유기간과 거주기간을 모두 계산하여 합한 금액을 공제해 주기 때문에 절세효과가 크다. 이를 계산식으로 나타내면, [보유기간 × 4%(40% 한도) + 거주기간 × 4%(40% 한도)]이며 보유기간 및 거주기간의 한도는 각각 10년이다. 이러한 1세대 1주택(2년이상 거주) 장기보유특별공제율은 양도일 현재 1주택만을 소유하면 적용받을 수 있고 비과세 요건까지 갖출 필요는 없다. 또한 양도일 현재 2주택일지라도 다음에 해당하는 비과세특례 규정에 따라 양도일 현재 1주택으로 보는 경우에는 1세대 1주택(2년이상 거주) 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있다. 이때, 비과세특례 규정에 따라 1주택으로 보는 경우에는 소득세법 시행령 제155조에 따라 일시적 2주택 비과세 특례, 상속주택으로 인한 비과세 특례, 공동상속주택 취득으로 인한 비과세 특례, 동거봉양으로 인한 비과세 특례, 혼인합가로 인한 비과세 특례, 문화재주택으로 인한 비과세 특례, 부득이한 사유로 인한 비과세 특례, 장기임대주택으로 인한 비과세 특례, 장기어린이집으로 인한 비과세 특례와 소득세법 시행령 제155조의2에 따라 장기저당담보주택으로 인한 비과세 특례, 소득세법 시행령 제156조의2에 따라 조합원입주권으로 인한 비과세 특례, 소득세법 시행령 제156조의3에 따라 주택분양권으로 인한 비과세 특례가 있다.

3. 장기보유특별공제율 적용사례

1) 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제

모든 조합원입주권이 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것이 아니고 원조합원의 조합원입주권에 대해서만 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. 따라서, 관리처분계획인가일 이후 조합원의 지위를 취득한 승계조합원은 장기보유특별공제율을 적용받을 수 없다는 것에 유의해야 한다. 관리처분계획인가일(도시 및 주거환경정비법) 및 사업시행계획인가일(빈집 및 소규모주택정비에 관한 법률) 전에 조합원입주권을 취득한 경우에는 취득일로부터 관리처분계획인가일 또는 사업시행인가일까지에 발생한 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용된다.

2) 1세대 1주택(2년 이상 거주) 장기보유특별공제율 적용사례

구체적인 사례를 통해 살펴보면 다음과 같다. 먼저, 보유기간 2년 거주기간 2년인 주택은 보유기간 3년을 충족하지 못했으므로 장기보유특별공제를 적용받을 수 없다. 보유기간 5년 거주기간 1년인 주택의 경우는 보유기간에 한해서만 장기보유특별공제를 받을 수 있으므로, 보유기간 5년 × 4%=10%를 공제한다. 그리고 보유기간 5년 거주기간 2년인 주택의 경우는 보유기간 5년 × 4% + 거주기간 2년 × 4% = 28%의 장기보유특별공제율을 적용한다. 보유기간 12년 거주기간 12년인 주택은 보유 및 거주기간 한도인 10년이 적용되어 10년 × 4% + 10년 × 4% = 80%의 장기보유특별공제율이 적용된다.

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