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양도소득세를 계산하기에 앞서 가장 먼저 양도차익을 산정해야 한다. 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 차감하여 계산한다. 즉, "양도가액 - 취득가액 - 필요경비 = 양도차익"으로 계산한다.
1. 양도가액과 취득가액의 산정방법
양도가액이란 실제 양도한 거래금액을 말하고 취득가액은 실제 취득한 거래가액을 말한다. 따라서 양도소득세 등을 매수자가 부담하기로 계약한 경우 양도․취득가액에는 매수자가 부담한 양도소득세까지 포함한 금액이다. 양도가액은 양도일 현재 매매계약서를 통해 쉽게 확인이 가능하나 취득가액은 부동산실거래신고제도가 시행된 2006년 이전의 거래는 매매계약서 등을 분실한 경우 취득가액을 확인할 수 없는 경우가 종종 발생한다. 따라서, 취득 당시 매매계약서를 분실한 경우는 등기부등본상에 거래금액이 확인되는 경우 이를 취득가액으로 인정받을 수 있다. 문제는 2005년 이전에 취득한 경우로 매매계약서를 분실한 경우와 건물을 신축한 경우 등에는 등기부등본상으로도 취득가액을 확인할 수 없기 때문에 매매사례가액→감정가액→환산취득가액 순으로 적용하여 취득가액을 산정한다. 매매사례가액은 부동산 취득일 전․후 3개월 이내 매매사례가액을 말하다. 감정가액은 부동산 취득일 전․후 3개월 이내 감정가액을 말하는데 현실적으로 매매사례가액을 확인하기가 쉽지 않고 감정가액도 별도로 감정평가를 받지 않는 이상 사용할 수 없기 때문에 결국 환산취득가액을 많이 사용한다. 환산취득가액 산정방법은 다음과 같다. 환산취득가액은 "양도가액×(취득일 현재 기준시가/양도일 현재 기준시가)"으로 계산한다. 환산취득가액을 적용할 때 신축건물의 경우 실제 취득한 금액(신축금액) 보다 환산취득가액이 더 높게 계산되는 경우가 있는데 이렇게 세부담을 회피하는 경우를 방지하기 위해 다음 요건을 모두 충족한 건물에 대해서는 환산취득가액(건물분)의 5%를 가산세로 부과한다. 건물을 신축 또는 증축(증축의 경우 바닥면적 합계가 85㎡를 초과하는 경우에 한정)하는 경우와 건물의 취득일 또는 증축일로부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우이다.
2. 상속 및 증여받은 부동산의 취득가액 산정
상속 및 증여받은 부동산의 취득가액은 상속세 및 증여세를 과세관청에 신고한 경우에는 신고가액(상속 및 증여재산을 시가로 평가한 경우에는 시가, 기준시가로 평가한 경우에는 기준시가)이 취득가액이 되지만, 신고하지 않은 경우에는 과세관청에서 결정한 가액(통상 기준시가)이 취득가액이 된다. 따라서, 상속 및 증여받은 부동산을 감정가액이나 매매사례가액인 시가로 신고한 경우 상속세 및 증여세 부담이 증가하는 반면 양도소득세 부담은 감소하고 기준시가로 신고 시에는 상속 및 증여세 부담이 감소하는 대신 양도소득세 부담이 증가하는 측면이 있다.
3. 1세대 1주택 고가주택의 양도차익 계산
현행 소득세법상 양도가액이 9억 원 이하이고 1세대 1주택은 비과세가 적용된다. 만약 9억 원 넘는 경우 전체 양도가액에 대해 양도소득세를 부과한다면 세금부담이 늘어나는 것을 방지하기 위해 비과세 요건을 충족한 1세대 1 주택이면서 양도가액이 9억 원을 초과하는 경우에는 다음과 같은 계산식에 따라 양도차익을 계산한다.
또한, 1세대 1 주택 고가주택이 공동명의로 소유한 주택이라면 위에서 산정한 양도차익에 공동소유자의 지분율을 곱하여 각자의 양도차익을 산정한다.
4. 양도차익과 양도차손의 통산
동일한 연도에 양도차익이 발생한 부동산과 양도차손이 발생한 부동산 2건을 양도한 경우에 해당 양도차익과 양도차손은 통산하여 양도소득세를 계산한다. 따라서 양도차손이 발생한 부동산은 양도차익이 많이 발생한 부동산과 동일한 연도에 양도하는 것이 세부담을 최소화할 수 있다. 그런데 동일연도에 양도를 하였다고 하더라도 양도차손이 발생한 주택이 비과세 주택에 해당한다면 이후에 양도한 주택에서 양도차익이 발생하였다고 하더라도 이전 주택의 양도차손과 통산할 수 없다. 이는 비과세 요건을 충족한 1세대 1주택은 원칙적으로 양도소득세 과세대상에 해당하지 않아 양도차손이 발생한다 할지라도 다른 자산의 양도차익과도 통산할 수 없기 때문이다.
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